Abd Al-Rahman I lance la construction des grandes lignes de la mosquée de Cordoue en 786. Les 11 nefs, perpendiculaires au mur du soutien, rappellent la mosquée Al-Aqsa de Jérusalem.
Les colonnes qui délimitent les nefs sont construites selon un modèle qui sera respecté au cours de toutes les ampliations et de tous les travaux de rénovation ultérieurs. Chaque colonne se compose d'une base, d'un fût et d'un chapiteau. Sur le chapiteau repose un pilier de section carrée qui supporte un arc en fer à cheval et un mur. Les colonnes atteignant les neuf mètres de hauteur, il a fallu construire d'autres arcs de soutien entre les piliers. Cet étagement d'arcs en fer à cheval et l'alternance de la pierre et de la brique, du blanc et du rouge, sont deux caractéristiques de la Mezquita de Courdoue. Cet édifice, si typiquement arabe, prend cependant sa source dans des traditions architecturales antérieures. La structure des colonnes rappelle en effet l'aqueduc romain, d'autant plus que le sommet des murs abrite les rigoles du toit. Quant à l'arc en fer à cheval, il est originaire de l'architecture hispano- wisigothe, mais on doit son utilisation (très) extensive aux arabes.
Le fils d'Abd Al-Rahman, Hisham I, entreprend la construction du patio et du premier minaret de la Mezquita. Celui-ci est détruit puis reconstruit lors de l'extension postérieure du patio sous Abd Al-Rahman III, les restes de ses fondations se trouvent sous l'actuel clocher de la cathédrale. Les plus grandes modifications de l'édifice ont lieu sous Abd Al-Rahman II, qui règne de 822 à 852.
Abd Al-Rahman II est un grand bâtisseur et il donne une impulsion culturelle et artistique à toute la région. Après l'introduction de nefs latérales destinées à la prière des femmes et l'agrandissement de l'espace de prière face à l'augmentation de la population de Cordoue ; l'émir entreprend l'extension de la mosquée vers le sud en y ajoutant quelques 26 mètres de colonnes et de nefs. C'est également sous son règne qu'est construit le Mihrab monumental dont nous pouvons encore aujourd'hui admirer la niche. Le Mihrab d'Abd Al Rahman est bien plus que la traditionnelle niche, c'est une véritable abside, depuis laquelle l'imam dirige la prière des croyants. La mosquée ainsi amplifiée et le Mihrab sont terminés et inaugurés le 12 octobre 848 en présence de l'émir, de sa famille et de sa suite proche. Son fils Muhammad I se chargera dans les années qui suivent d’ajouter des éléments de décoration et d'effectuer des travaux de rénovation.
C'est entre 961 et 976 que Al-Hakam se lance dans la construction des six coupoles de la mosquée, dont cinq sont toujours observables aujourd'hui. Elles sont formées d'arcs entrecroisés et richement décorées. Comment ne pas s'émerveiller devant les 200m2 de mosaïques ornant la coupole qui surplombe le Mihrab et qui couvrent la façade de celui-ci. Cette oeuvre est unique en Espagne et représente une pièce majeure de l'art de la mosaïque musulman. C'est un artiste envoyé à Cordoue par le Roi de Byzance, aidé d'esclaves locaux, qui réalisa ce magnifique travail.
Enfin, au cours de la dernière décennie du Xeme siècle calife Almanzor ajoute huit nefs à l'édifice à l'Est de la salle de prière en empiétant sur des rues et des maisons de la ville.
La mosquée en l'an 1000 est le fruit de ces deux siècles de constructions, d'améliorations et d'extensions. Mais l'édifice que nous pouvons observer aujourd'hui a subi des modifications profondes et sa structure actuelle est surprenante, presque incroyable. Lorsque la reconquête de Cordoue est totale, en 1236, Fernando III lance des travaux qui vont totalement bouleverser l'édifice. S'il n'est pas entièrement détruit, il est modifié dans le but d'affirmer la puissance des rois catholiques et les changements qu'annonce la reconquête. De multiples chapelles et autels voient le jour dans la Mezquita, qui devient une « Mosquée- Cathédrale ». La chapelle San Pedro est par exemple construite dans le Mihrab de Al-Hakam II. Ces éléments chrétiens se développent, finissant par occulter une grande partie de l'espace Omeya.
Au XVeme siècle, une nef gothique voit le jour. Jugée trop petite elle est transformée en une chapelle majeure et un chœur au XVI. C'est ainsi que le visiteur peut découvrir dans la Mezquita- cathédrale cet extraordinaire mélange d'architectures, de cultures et de religions .
